Alle leegstandbeheerders met het keurmerk hebben een eigen procedure voor het afhandelen van individuele klachten. Ontevreden over de behandeling van klachten? Dan kan dit worden gemeld bij het meldpunt van het KLB. Het KLB behandelt meldingen vertrouwelijk en probeert in goed overleg een oplossing te vinden.
Wanneer partijen niet tot een gezamenlijke oplossing komen, dan kunnen zowel de gebruiker als de leegstandbeheerder terecht bij de klachtencommissie van Keurmerk Leegstandbeheer. Deze commissie werkt met een klachtenreglement. Zij beoordeelt de klacht niet alleen aan de hand van de wet en het klachtenreglement, maar kijkt ook naar redelijkheid en billijkheid. De klachtencommissie is onafhankelijk en haar oordeel is bindend voor alle partijen. Naast het afhandelen van conflicten tussen leegstandbeheerders en bewoners/gebruikers, behandelt de klachtencommissie ook geschillen tussen vastgoedeigenaren en leegstandbeheerders. Daarvoor moeten beide partijen wel uitdrukkelijk akkoord zijn gegaan met de melding van het geschil.